Um alle Datenbanken zu optimieren braucht man zunächst eine SSH-Verbindung als root. Das geht z. B. mit putty.
In der Konsole gibt man den folgenden Befehl ein:
mysqlcheck -uadmin -p`cat /etc/psa/.psa.shadow` -o --all-databases
Nun werden alle MySQL-Datenbanken nacheinander mit dem Befehl OPTIMIZE optimiert. Man kann natürlich auch einen Cronjob einrichten damit der Befehl automatisch ausgeführt wird.